这是一个魔女与人类共存的世界，为保证魔女身份不被揭穿，被人类发现真实身份的魔女会变成魔女青蛙，唯有另一个拥有正式身份的魔女才能解开魔法。一次偶然中，一直梦想能够成为魔女的Doremi识破了魔女莉卡的身份，无奈之下，莉卡将春风收为见习魔女。春风须经历漫长而艰苦的修炼，通过魔女考试才能获得魔女资格。故事舞台发生在架空的城市──日本美空市美空町，除此之外还有魔女世界和魔法堂等。顺带一提，虽然香港和台湾的小魔女DoReMi 相关产品（漫画、精品等）仍然遵照下述译名，但动画部分， 无线电视播放的版本一律称为《小魔女DoReMi》，并不作任何区分， 东森幼幼台方面则是以第几部来区分。自称为“世界上最不幸的美少女”的春风DoReMi，一直相信这世界上有魔女，并希望自己成为魔女后可以向喜欢的人（当时是五十岚学长）表白。有一天放学时，春风DoReMi经过一间名叫“薪旗山莉卡魔法堂”的店铺。进入一探究竟时，碰巧拆穿了当时魔法堂的老板－“魔女莉卡”具有魔女身份，而导致她变成魔女青蛙。由于只有识破的人变成魔女才可让魔女莉卡恢复原貌，为了帮助魔女莉卡回复原状，DoReMi成为了见习魔女，并要在见习魔女9个级别（第9级至第1级）的考试中合格，从而取得魔女的象征──自己的 水晶球，才能成为正式魔女。期间，初贵、爱子与DoReMi的妹妹泡泡，因为先后知道DoReMi是见习魔女，为了不让DoReMi也变成魔女青蛙，因此也陆续成为见习魔女。为了赚取使用魔力所需的魔法珠，所以要时常在魔法堂帮忙。期间也慢慢的参加升级试。在升级试的途中，Doremi等人获得了精灵陪伴。之后，魔女莉卡因为和魔女莱拉（第一部第五集登场，魔法堂的老顾主，上司是魔女唐。）赌博，而输掉了魔法堂的 经营权。后莱拉转卖其经营权给莉卡的劲敌－魔女露卡。DoReMi三人为了抢回经营权，使尽办法，最后和露卡的魔法竞赛中获胜，夺回了魔法堂的经营权。后来，她们三人发现遗留人间的邪恶卡（当时由魔女保管，但是由魔法师迪加大叔（老头阿迪）所偷走，因此遗落人间），此物会附在一些物品上，使其主人遇到灾祸。魔女界女王命DoReMi三人为“圣洁使者”，并利用“圣洁电脑”和作为惩罚而被关在电脑中的迪加大叔来侦查和去除遗留人间的邪恶卡。在第35话，偶像明星 濑川音符，以反派的身份转学到美空小学，与DoReMi、初贵、爱子等人同班(3年2班)。其实音符也是位见习魔女，而被她揭穿身份的魔女露卡也变成了魔女青蛙。而她也常用禁忌魔法（依照规定，魔法不能用来医治疾病、起死回生、更改记忆以及改变他人思想，否则会受到惩罚，使用前两者更会被魔法反噬），但因手执魔女露卡的 护身符而得以避免惩罚。