2009年，动物基因组学 （帝王计划）研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出，在一群雇佣兵袭击这个机构时，魔斯拉逃了出去。然后她在一个瀑布包了茧，随后破茧而出，完成了全形态生长。2014年，哥斯拉被整个世界看到后，“帝王组织”在水下建了一个基地，在这个位于水下好几英里的水中基地中，他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他们真正的研究核心。在“旧金山事件”结束后，人类获得了短暂的和平。但这并没有阻止怪兽们觉醒，反而更加来势汹汹，长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万，甚至好几万年的历史，它们要把这个星球重新夺回自己的手下。接连出现在人类眼前的怪兽纷纷证明了一件事：它们才是地球的真正霸主，不论是地球的守护者还是毁灭者，战至最后的一位才能成为怪兽之王，“统领”全世界。正当帝王组织也一筹莫展之际，哥斯拉突然苏醒，它去消灭那些未来可能会去损害大自然平衡的生物。后来，哥斯拉和魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。而击败基多拉正是抑制这次怪兽袭击的关键，两位王者巨兽的正面对决就此打响，在城市中一分高下，证明谁才是真正的怪兽之王。面对怪兽争霸，人类也没有选择袖手旁观，而是英勇无畏地冲向这些庞然大物，与哥斯拉并肩作战，誓死为地球存亡而战 。