昭和13年、夫に先立たれた村上ふじ（松坂慶子）は、生まれつき身体が不自由な息子・耕造（筒井道隆）を女手ひとつで育ててきた。ある日、耕造は中学の同級生の紹介で小倉に住む白川病院院長・白川慶一郎（蟹江敬三）の蔵書を整理することに。そこで彼は、森鴎外の日記のうち彼が軍医として小倉に赴任していた4年分が紛失していることを知る。4年間の“小倉日記”の空白を埋めるため調査に乗り出した耕造だが、鴎外の死後40年という壁は厚く、調査は挫折しかけていた。やがて、白川病院の看護婦・山田てる子（国生さゆり）の情報から鴎外が出入りしていた寺をつきとめる。さらに、鴎外の実弟・森潤三郎からの応援の手紙も届き、耕造の仕事は新聞で紹介される。ふじは息子の努力が報われたことを喜ぶが、自分の亡き後のことを考え、耕造が好意を寄せるてる子に結婚の打診をするが断られてしまう。それ以来てる子は耕造の前から姿を消し、事の真実を知った耕造は慟哭した。耕造の生きがいは「小倉日記」を完成させることだけになった。やがて戦争が始まり…。