达莫斯背叛了前来接受生命宝珠的圣灵兽，不仅私藏了宝珠，还让口袋妖怪向它发起攻击。多年之后，圣灵兽从沉睡中醒来。“审判的时刻到来了，”说着它展开了报复。整个市镇不断爆炸，被烟雾所笼罩。达莫斯的后裔希娜把生命宝珠还给了圣灵兽。谁料圣灵兽高喝着“这是假的”，踏碎了它。被激怒的圣灵兽发出巨大的冲击波袭向希娜。危急时刻，迪奥鲁加和帕鲁其亚劈裂时空突然出现，接住了冲击波。一场前所未有的口袋妖怪大战展开了……