科学怪人约翰·达古一心要毁灭人类，他造成了冰川融化、海水淹没大地、10亿人丧生的惨剧还不罢休，还试图引发两极置换、破坏地球电磁场、以致彻底毁灭人类的所谓POLESHIFT。各国联合舰队为了夺回赖以生存的土地，决定深入海洋，向约翰·达古的南极基地发起核攻势。而青之六号就是联合舰队中人类寄予最后希望的一艘威力强大的潜水艇，在这场大战中发挥了举足轻重的作用。