阿波廿七万石、蜂須賀家家中では、一番家老桜井主膳の老齢を幸い、二番家老岩橋軍太夫が藩政を聾断、藩主宗勝公に乱行を薦める一方、特産藍問屋四国屋治左衛門と結託、悪辣の限りを尽していた。主膳は江戸の奥方に事の次第を告げようとしたが、軍太夫一味は四国屋の用心棒と共に使者を殺害。そこに現われた黄門さん一行。悪政に苦しむ阿波の人々のため、事件究明へと乗出す。常陸の百姓に変装した黄門さんは四国屋を訪れ、藍玉と米の交換を種に手掛りを得ようとする。帰途、とある尼寺で祈願をこめる巡礼娘おつる。父の名は式根十郎兵衛、生みの母お弓を求めて紀州から来たという。黄門さんは宿へ連れ帰り父母の行方を探そうと約束。黄門さんと四国屋の商談を知った軍太夫は主従を公儀隠密とみて、暗殺を決意。取引に現われた黄門さん一行を襲うが、助、格の奮闘で一行は逃れる。藩主にとりいるべく四国屋が遣わした遊女夕霧を、軍太夫は己れの意に従わぬと斬り捨て、宗勝公は激怒。だが今や家中殆んど軍太夫に加担、藩主の力では如何ともできない。仮面を脱いだ黄門さんは藩主に軍太夫の悪政を難詰、事露見と知った軍太夫は主膳を闇討ち、四国屋の妾お千賀と黄門さん主従暗殺を企む。これを聞いた四国屋の姪お絹、主膳の伜で恋人の主水に急報。一方おつるの母お弓こそ四国屋の内儀、旅の途次、好色な四国屋のために夫は殺害、現在に至ったものである。お弓は尼寺でおつると晴れて母子の対面。だがお絹の口から四国屋こそ夫の仇敵と聞き、恨みの刃を向けるが返り討ち。やがて鳴門の大渦を見下す岬の上の桟敷に集う黄門さん一行と宗勝公。阿波踊りのお囃子と共に斬り込む軍太夫配下の鬼面の武士。アワヤと見えた時救援に応じた隣藩頼常公の軍船。かくておつるは両親の仇を討ち、黄門さん阿波旅の一幕は下りる。