《阿莉芙》的故事描述四位跨性别者追寻爱情的过程中面临的煎熬与矛盾：排湾人头目之子阿利夫（ 舞炯恩·加以法利得饰）在台北发廊工作，同时也在Sherry（ 陈竹升饰）经营的变装酒吧工作，他渴望着能够变性，成为“阿莉芙”，因此与希望将头目之位传给他的父亲达卡闹（ 胡德夫饰）处得不愉快，而阿利夫的女同性恋室友兼同事李佩贞（ 赵逸岚饰）在与女友分手后渐渐爱上了阿利夫；公务员正哲（ 郑人硕饰）和从事音乐教师一职的女友安琪（ 王安琪饰）过着异性恋的生活，但自从他替好友在Sherry经营的酒吧代班并有了变装经验后，阿利夫对他十分动心。阿利夫假借学琴取得安琪的连络方式，再把正哲变装的照片发给她以挑拨两人的关系，两人因而分居，但之后重修旧好；Sherry多年来暗恋水电工老吴（ 吴朋奉饰），但老吴只是把他当作好兄弟，直到Sherry因 胰脏癌末期而昏倒，两人的关系才有所进展。在Sherry逝世后，老吴继承了变装酒吧，阿利夫在李佩贞建议下决心变性。数年后，阿莉芙以女性的身份继承部落头目，并与李佩贞育有一名男孩。