日本战国时代初期，各路诸侯大名争端纷起，战乱不断，直到霸主丰臣秀吉的出现，各处争战才得以平息，迎来了短暂的和平。但是，好景不长，丰臣秀吉死后，德川家康继续统治，但政权很不稳定，天下再次大乱。1600年，反叛诸侯原丰臣的家臣石田三成举兵，直指德川家康，史称"关原合战"。德川家康联合诸路大名，大败叛军石田三成。此时，德川家康统一天下似成定局，但是，秀吉的遗子秀赖长大成人后，得到许多有势力的大名支持，叛军势力也逐渐扩大，直接威胁德川的统治，战乱眼看又要一触即发。少女阿墨在这场战乱中失去了所有的亲人，被一个陌生老人收养，并和一群孩子开始接受残酷的训练，目的只有一个：成为最强的杀手。这位老人真名叫小幡月斋，他受当权者德川家康身边高僧南光仿天海的托付，秘密培养顶尖刺客，以便暗杀谋反者，将叛乱扼杀在襁褓之中 。德川家康成为天下的统治者，但丰臣秀吉一派的某些诸侯心存异志，有人暗中培养刺客，而前武将小幡就是刺客的老师。小幡收养了九男一女十名孤儿，将他们教导成格斗高手，阿墨是其中唯一的女孩。有一天，小幡突然下命令，叫他们分成五组自相残杀，胜者才能跟他去执行任务。青年们在震惊之后不得不从命，阿墨也亲手杀死了与自己互生情愫的师兄。他们意识到作为刺客，杀戮或被杀是必须承受的命运。小幡一行人出山后，在小镇遇到流寇血洗当地居民，他严令门下不得插手，坐视眼前的血腥屠杀。他得到的指示是杀掉德川身边的三员大将，第一个目标是浅野。阿墨以年轻美丽，得以接近喜爱垂钓的浅野，将他一举击灭。接下来众人伏击第二个目标加藤清正，但在加藤手下以飞猿为首的忍者全力保护下未能得手，反倒有一人中了毒剑。加藤逃生后，开始纠集力量反击，先是找来以自残为乐的佐敷三兄弟，又到监狱中放出了快刀嗜血狂人美女丸。在他们落脚的小镇上，有一个表演中国杂技的江湖戏班，其中的女主角亚惠和阿墨一见如故，并与阿墨的师兄一见钟情。戏班在移动途中遇到佐敷三兄弟，除了亚惠全部被杀，路过的阿墨等人出手，将佐敷三兄弟击毙。面对中毒病倒的弟子，小幡决定弃之不理。阿墨等人第一次和师父发生了争执，甚至拔刀相向。小幡愤怒地宣称，阿墨不再是刺客，率另外人离去。小桥答应亚惠送她回乡，但遇到女装且涂脂抹粉、双手各持刀和一朵蔷薇的美女丸，师兄不敌力战身亡，等阿墨赶到已经迟了。亚惠请阿墨与她同行，并第一次为她化妆，穿上女性服装，阿墨仿佛恢复了女孩的烂漫本性。夜里，一些强盗抓住她们意图强暴，阿墨反抗将其尽杀，她意识到“杀人是她的宿命”，只有拿起刀搏斗才是属于自己的人生。小幡与弟子刺杀加藤，陷入重围，受伤被俘。阿墨此刻赶来，独闯数百人的敌阵，格杀美女丸，但小幡已气绝。阿墨穷追逃掉的加藤，一直到海上将他刺杀，为师傅和师兄们报了仇 。