公元2205年时，一波以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去进行攻击，为了对抗这波人，政府将拥有将刀剑唤醒的力量的审神者以及刀剑的付丧神“刀剑男士”送往各个时代，展开战役。本能寺之变中，织田信长的家臣明智光秀于京都附近的桂川叛变，讨伐位于本能寺的织田信长及其后继者织田信忠，逼使两人先后自杀。本能寺在事变时发生火灾，令信长葬身火海且尸骨难存。“刀剑男士”的任务，则是保护这一历史免受篡改，暗杀织田信长 。