在现代和过去都不知道的时代的日本的某个地方，展开了大怪盗二十面相和名侦探明智小五郎的激烈的攻防战。由于明智的追查二十面相，主人不在的明智侦探事务所中，副助手小林芳雄（小泽廉饰）仰慕他的井上一郎（寺坂赖我 饰），不知为何总是沉浸在办公室里的花崎卫矛（前田希美饰）三人都暂时都不在家。其中，有一位母亲为了搜索失踪的女儿而来到了事务所。因为明智小五郎（小木茂光饰）不在小林想对这位母亲的委托而拒绝，但是却被这位母亲悲痛的愿望而打动了，开始搜索女儿……。