这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER（噬神者）”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？人类的天敌“荒神”与“神谕细胞”同步组成的“神机”的操作者，能够打倒荒神的唯一的存在，人类的最后的王牌。噬神者不仅能够掌控神机，身体能力和恢复能力也大幅增加，能发挥超人般的运动性能。从神谕细胞由来的偏食因子注射在人体内，若同步测试成功，就可以获得成为噬神者的资格，合适者必须往右手的腕轮里定期的注射偏食因子。2050年代初，吞噬世界的一切的神秘生物突如其来。对付它们，以前的的武器是一切不通用的，人类在短期内失去人口的大半，人类文明在崩溃的边缘却无可奈何。2071年现在，从小型到大型各种各样的形态的荒神的存在被确认，其中包含着很多谜团。内含了神谕细胞，唯一能对抗荒神的生体兵器。能掌控神机的人称为噬神者。剑形态的近战攻击型、枪形态的远距离攻击型这样的复数形态的类型存在着，剑和枪形态转换的可変型的次世代型神机的开发也在推进着。《噬神者》动画版的男主角并非是游戏官方设定的主角 神薙裕，而是更换为了动画原创的角色“ 空木莲华”。