《星球大战：克隆人战争》的故事来到了最终季，最后一季有12集，讲述的是克隆人战争走向终结的故事。第七季分为三个独立的故事，前三分之一可看作《星球大战：异等小队》的序幕，异等小队首次出场和阿纳金、雷克斯联手执行任务，营救克隆人战士“回声”；中间三分之一是阿索卡离开绝地武士团之后的冒险经历，阿索卡·塔诺在科洛桑第1313层遇到同样喜欢冒险的特蕾斯·马特斯（Trace Martez）和拉法·马特斯（Rafa Martez）姐妹；最后三分之一的故事无缝链接《星球大战前传3：西斯的复仇》，阿索卡在博-卡坦·克里兹要求下，率领克隆人501军团参加曼达洛围攻战，对抗摩尔，虽然阿索卡取得围攻战胜利，但66号指令却悄然而至，一切都将颠覆 。