2018年秋季——在梦想成为王，2000年出生的常磐庄吾面前突然出现的时光机。从这台时光机出现的一位神秘女孩月读告诉他。“ 我来自2068年。未来的世界（宇宙）被魔王统治，人们受尽痛苦，创造了一个没有希望的世界（宇宙）。”为了改变那绝望的未来世界（宇宙）而回到2018年的少女进一步说下去。“ 未来的你正是，成为毁灭世界（宇宙）的魔王，时之王者‘Zi-O’。”命中注定要变身为假面骑士Zi-O的主人公，他真的不是英雄并会变成未来的魔王吗…到底未来的命运会怎样？这是一个穿越时空，与历代平成假面骑士们相遇同时，过去·现在·未来、为了拯救所有时间而战，成为次代之王的假面骑士故事。艺津与月读原来生活着的世界， 逢魔Zi-O与月读等反抗势力的大规模战争于此逐渐扩大。存在着与EP01中“ 18岁的庄吾”一模一样的青年所变身为Zi-O时的姿势相似的“ 常磐庄吾初变身之像”与自“ 空我”起至“ Build”为止的历代平成假面骑士的石像、中央写着片假名的“ ライダー”的巨大的钟表一样的石制纪念碑。常磐顺一郎所经营的时钟店，也是顺一郎和庄吾所居住以及芸津与月读所借住的地方。楼下是挂满了许多不同种类的时钟的小店铺，而楼上则是房屋单位。现月读和芸津也为了观察庄吾接下来的进展而开始入住于此地。本作中的恶役组织，来自50年后的未来，为了寻找能够代替魔王的新王，在各时代里与人们签上契约，企图打造出骑士之王，在逢魔之日称王。