故事发生在1870年。斯各脱亚号船长的女儿伯纳代特经常随父亲一起出海，她热爱海洋，对海中的一切都非常感兴趣。在一次去往纽约的航行中，斯各脱亚号遭到水中怪物的袭击，船体被撞破。经过紧急处理，船只并无大碍，安全抵达目的地。生物博士皮埃尔对这件事情十分感兴趣，他认为这一定是某种巨大的海洋生物所为。报纸也对这件事情进行了报道，皮埃尔受命到深海中一探究竟。 皮埃尔带着助手康塞尔踏上了旅途，伯纳代特也十分想知道事情的真相，于是藏在箱子中被送上了考察船。康塞尔是伯纳代特的叔叔，他发现侄女在船上，十分震惊。为了掩人耳目，康塞尔不得不将伯纳代特装扮成男孩的样子。 考察船航行了很久却一无所获，就在大家感到失望时，海中怪物出现了。水手们马上向怪物发动攻击，但怪物却毫发无伤。更可怕的是，怪物摧毁了船只，只有伯纳代特与皮埃尔、康塞尔以及鱼叉手尼德得以幸存。此刻他们才发现，撞沉...