故事发生在1870年。斯各脱亚号船长的女儿伯纳代特经常随父亲一起出海，她热爱海洋，对海中的一切都非常感兴趣。在一次去往纽约的航行中，斯各脱亚号遭到水中怪物的袭击，船体被撞破。经过紧急处理，船只并无大碍，安全抵达目的地。生物博士皮埃尔对这件事情十分感兴趣，他认为这一定是某种巨大的海洋生物所为。报纸也对这件事情进行了报道，皮埃尔受命到深海中一探究竟。皮埃尔带着助手康塞尔踏上了旅途，伯纳代特也十分想知道事情的真相，于是藏在箱子中被送上了考察船。康塞尔是伯纳代特的叔叔，他发现侄女在船上，十分震惊。为了掩人耳目，康塞尔不得不将伯纳代特装扮成男孩的样子。考察船航行了很久却一无所获，就在大家感到失望时，海中怪物出现了。水手们马上向怪物发动攻击，但怪物却毫发无伤。更可怕的是，怪物摧毁了船只，只有伯纳代特与皮埃尔、康塞尔以及鱼叉手尼德得以幸存。此刻他们才发现，撞沉考察船的并不是什么巨大生物，而是一艘有着无比坚硬外壳的潜水艇。很快，他们被潜水艇里的人俘虏，并认识了这艘潜水艇的主人――尼摩船长。尼摩船长给“客人们”介绍了这艘名为鹦鹉螺号的潜水艇，他制造鹦鹉螺号的起因是由于自己的国家被侵略，人民被奴役，妻子儿女也被残忍杀害。尼摩船长痛恨那些侵略者，他认为只要有陆地、有人的地方就避免不了纷争和侵略。于是工程师出身的他便建造了这艘潜水艇，游走于海洋中，不受任何人的控制。当有船只发现他的踪迹，误认为是海怪准备消灭他时，他便用坚硬的外壳进行有力的回击，很多船都因此葬身海底，尼摩船长攻击伯纳代特他们的考察船也是因为船上的人先动了武。为了这个秘密不被泄露，尼摩船长决定将这四个访客终生扣留在船上。于是大家开始了漫长的航行，这期间鹦鹉螺号走遍了地球上所有的海域，甚至是南极也留下了他们的足迹。随着时间的推移，大家都感到十分寂寞，他们一直在找机会逃出鹦鹉螺号，但这几乎没有可能。直到伯纳代特病倒，再一次坚定了大家逃走的决心。终于机会来了。鹦鹉螺号在距离岸边不远的地方遭遇了漩涡，尼摩船长忙于控制船只，伯纳代特他们借机从鹦鹉螺号上逃了出来。当他们到达岸边时，鹦鹉螺号已经被漩涡卷入了深深的海底……经历了这一切，伯纳代特和皮埃尔之间产生了感情，在被过路船只救起并返回纽约后，两个人举行了盛大的结婚仪式。本以为尼摩船长和他的鹦鹉螺号早已葬身海底，突然有一天伯纳代特收到了尼摩船长寄来的包裹，一颗世间罕见的珍珠，这是尼摩船长最后一次出现在伯纳代特的记忆中，从此他便真正消失了。《海底两万里》是法国伟大的科幻小说家儒勒·凡尔纳的三部曲中的第二部，第一部是《格兰特船长的儿女》，第三部是《神秘岛》，于1870年问世。迄今为止已有一百多年的历史，却仍在以多种文字的版本风靡于全世界。《海底两万里》曾被多次搬上银幕、制作成动画剧集，本片就是根据这部小说改编而成的动画电影。不同的是影片在原著仅有的几个人物中加入了女性角色——伯纳代特，为整个故事增加了趣味性和神秘感。