主角星野铁郎受母亲的影响希望搭上银河铁道999，到达可以获得免费改造成机械身体权利的安达罗星云，母亲却被机械伯爵掳去使用后杀害。后来铁郎遇上谜样的女子，给了他银河铁道999的车票。于是铁郎登上列车展开旅程，途中经过宇宙中各种不同的星球，发生各种事情。