80年代に人気を博したＴＶシリーズを再び新シリーズとして復活させたアクション時代劇の劇場版その第２弾。ＴＶ版と同じく国際派俳優・千葉真一が伊賀忍者・服部半蔵に扮し、新たな部下と共に“影の軍団”を編成して、徳川家康の孫娘の暗殺を企む新たな敵と、熾烈極まる闘いを繰り広げる。 伊賀忍者の残党“影の軍団”を組織し、忍びの道を生きる服部半蔵。彼は、ある時、猿飛佐助から不穏な情報を知らされる。それは、徳川家康が和睦のため豊臣秀頼のもとへ嫁がせた孫娘・千姫の命が、何者かに狙われているというものだった。半蔵は千姫の命を守るため、さっそく疾風、妖騎、金剛丸ら軍団の部下たちに招集をかける。しかし、彼のもとにやって来たのは金剛丸のみ。疾風と妖騎は、向かう途中で風魔小太郎に急襲され、殺されていたのだった。悲しみに暮れる半蔵だったが、再び軍団を結成し、闘いに臨むことを決意する。