在一个非常平凡的小镇，人们过着平静而充实的生活。但他们不知道那其实是虚假的和平。遭受来自宇宙的神秘外星人的攻击，导致99.9%的人类死亡。而这敌人被命名为“Dractor”。不久，地球上出现了一个巨大的洞穴，形成了适合外星人居住的环境。人类只能为了逃过其双眼，隐居在避难所，一边等待着不知何时来临的复活之日。シェルターイクシア的居民们，被抹杀了灭世的记忆，什么都不知道地过着普通的生活。但是，其中一部分“被选中者”，成为机师驾驶着被称为“ローグ”的巨大机器人与外星人战斗。