スティッチとユウナは、相変わらずイザヨイ島の生活を送っていた。何故かスティッチにだけイタズラを仕掛けるペット型エイリアン・ブーグーと、神戸から転校したオシャレ小学生のサエ、ユウナのズル賢い従姉妹のズル子こと鶴子などといった新たな人物が登場し、イザヨイ島の生活はより楽しいものへと変わっていく。そして今日もスティッチは願いをかなえるためのイイコト集めや、世界征服を目論むハムスターヴィールたちとの戦いに奔走するのだった。