影片讲述了一个两位朝廷重将围绕皇权相互进行较量的故事。皇上将车将军派去掌管著名的水底秘密基地。软公公派出杀手犯案，潜入基地，而车将军则试图找出刺客，瓦解软公公的阴谋。两方势力围绕水底秘密基地展开了一场精彩的博弈。身为两颗棋子的拾七和塘方，既是敌人又是姐妹，背后的恩怨情仇由此揭开。本片的大部分剧情发生在阴暗潮湿的水底监狱，犯人被折磨的哭喊与施行者的兴奋形成鲜明的对比，窒息感和求生的欲望如影随形贯穿本片。历史记载明末宦官当道，王权旁落。《龙宫女刺客之大明女监》的背景也就是植根与这段动荡的历史中。不过除了纪实之外电影还在情节当中巧妙地加入了机关术、毒术、长生术等奇幻的元素，让本就精彩的电影又蒙上了一层让人捉摸不透的神秘面纱。