《特務迷城之2003》故事的開端始於方子璇饰演女主角口永的失蹤，而由張智堯所飾演的男主角太維在遍尋口永不著的情況下，為了完成兩人共同的夢想而選擇到口永最愛的水族館打工，卻在客戶的大樓電梯中巧遇一名長相酷似口永的女孩姬，從此太維的人生發生了意想不到的轉變。女主角方子璇不只 要在片中一人分飾二角，而且還要拿槍。 《特務迷城之2003》的時間是設定在電影《特務迷城 》之後的三年，擁有致命病毒炭疽病疫苗的小北（成龍飾）失蹤之後，兩部電影劇情看來似乎八竿子打不著，但實際上兩部片在劇情設計有著密切的關聯性，而且互留伏筆，觀眾在網路看完《特務迷城之2003》之後，得到戲院看完《特務迷城》才能解開密碼觀看網路上《特務迷城之2003》的最後結局。