清 康熙年间，厄鲁特准格尔部葛尔丹汗叛乱福建莆田九连山少林弟子郑君达率128棍僧应募杀敌，大获全胜。康熙皇帝重赏僧兵，封邓军达为福建总兵，同时受封的还有降将彭龙天.彭对郑君达等心怀仇恨，借南少林与反清复明势力红花会有些关系屡加陷害福建将军陈文耀前曾举荐南少林，因担心受到牵连，也向朝廷上奏郑君达等谋反，康熙本来不信，出于种种原因而又几经周折后，下旨废寺。陈文耀等奉命率兵围剿少林寺。初战失利。为此，请来了马宁儿，这马宁儿本来也是少林寺主持至善禅师的高徒，因嫉妒郑君达，单恋君达的未婚妻郭英娇，不听劝告，最终触犯戒律，被逐出少林。马宁儿怀恨在心，竟然供出少林寺地道的秘密。清兵火攻少林寺，炸毁地道。至善禅师等相继殉难，君达与五经首座等少林五僧虎口余生。一行在陈文耀女儿陈若连的帮助下，投奔红花会，但这时的红花会由于邓军达前曾一直不肯背叛清廷，对他们失去信任，而邓军达也因少林寺被毁而悲恨交加。愤怒之下少林武僧在邓军达的领导下与马宁儿决一死战，演绎了一段与邪恶势力斗智斗勇的传奇故事..........