江戸時代。貧しくて医者にかかれない者たちのために作られた小石川養生所。 所長の新出去定（にいで・きょじょう／船越英一郎）は、ある人には恐れを、ある人には親しみを込めて「赤ひげ」と呼ばれている。保本登（中村蒼）や津川玄三（前田公輝）らの医師に加え、やる気だけはある新人医師・田山真一郎(鈴木康介)も交えて今日も貧しい者たちの医療に奮闘中。だが、幕府からは常に予算を削られて、やりくりは四苦八苦。そして養生所には赤ひげの命を狙う遊女・およね（佐津川愛美）をはじめ、つらい事情や秘密を抱えた訳ありの患者たちがやってくる・・・。