在与机器世界达成合作并牺牲了自己之后60年，尼奥被重新接回矩阵。他失去了记忆，重新变成了托马斯·安德森。作为全球最著名的游戏设计者，他的代表作就是游戏《黑客帝国》三部曲。虽然现实看起来一切安好，但他却时不时就陷入现实和虚拟相混淆的痛苦，因此他在游戏公司的老板会提醒他定期去看心理医生。可是有一天，他却在咖啡店里偶遇了已经结婚生子的崔妮蒂。很快，他遇到了一个穿着像墨菲斯的人，被告知现实皆幻觉，他所需要作的选择依然是“红与蓝”——吃下代表无知幸福的蓝色小药丸，继续沉沦；或是吃下代表梦境醒来的红色小药丸，重返真实 。