Bí mật đảo Linh Xà là câu chuyện xoay quanh 2 thế hệ. Trần Thái (Dương Minh) là nhà nghiên cứu, thám hiểm thuộc thế hệ thứ nhất. Trong lúc bị rắn tấn công, anh may mắn được Đan Thy (Hạ Anh) ra tay cứu giúp. Từ đó, cả hai bắt đầu nảy sinh tình cảm và hạ sinh được một cậu con trai. Thế nhưng, Trần Thái lại không hề biết rằng Đan Thy lại chính là người thuộc Xà tộc và nắm giữ miếng ngọc quý. Chính điều này đã khiến Trần Thái rơi vào việc truy đuổi gắt gao của nhóm người Hùng Sư.