鎖国によって外国との交流が厳しく制限される江戸時代後期。 大黒屋の息子光太夫は、商船神昌丸の船頭（ふながしら）として伊勢を出帆します。 しかし江戸に向かう途中で激しい嵐に見舞われて帆は折れ、大海原を漂流することになるのでした。 海をさまよう神昌丸には17人の乗組員たち。 船頭の光太夫、経験豊富な船親司（ふなおやじ）三五郎、最年長の乗組員九右衛門、喧嘩ばかりの水主（かこ）庄蔵と新蔵、どこか抜けている小市、三五郎の息子の青年磯吉...。 光太夫はくじけそうになる乗組員を必死で奮い立たせ、再び故郷の伊勢へ戻るため方角もわからない海の上で陸地を探し求めます。 漂流を始めて8カ月─。 神昌丸はようやく発見した陸地に上陸します。ところがそこは日本ではなく、なんとロシア領のアリューシャン列島アムチトカ島。 異国の言葉と文化に戸惑いながらも、島での生活を始める光太夫たち。厳しい暮らしの中で次々と仲間を失いますが、光太夫らは力を合わせ、日本への帰国の許しを得るため、ロシアの大地を奥へ奥へと進みます。 異国から来た日本人である光太夫たちに対して、親切なキリル・ラックスマンをはじめ、行く先々でさまざまな人の助けを得て、ようやく光太夫はサンクトペテルブルグにて、女帝エカテリーナに謁見することが叶い...。