《变种人：幽灵战姬》主要讲述了一个女特工意外被注射基因诱导液，身体产生异变，拥有了超能力，历经艰辛，她重拾自我，成功捣毁了美杜莎组织，顺利完成了任务的故事。未来世界，科技突飞猛进。世界上出现了一个神秘组织，专门为富人组织地下“竞赛”——明日之战。世界各地散布着私自投资基因变异科研的大财团，制造出有超能力的变种人战士，参加竞赛，根据战队成绩排名来划分利益。一时间，变种人犹如毒品般蔓延至全世界，而变种人犯罪亦愈演愈烈。为了打击变种人犯罪，由相关政府联合成立了国际安全特别行动小组。自此正义与邪恶的变种人之战，正式拉开序幕......吴晴晴是国际安全联盟组织（打击变种人犯罪）的特工，奉命潜入美杜莎整形医院搜集其直属财团秘密研究基因诱导液，制造变种人战士的犯罪证据。吴晴晴成功潜入，却意外被强行注射基因诱导液，在同事王胖子的协助下，逃出美杜莎地下实验室，却一路惨遭追杀。受到基因诱导液的影响，她的记忆出现暂时的混乱与缺失，幸得周扬相救，并成功度过了基因异变激化期。不同于美杜莎过往的失败案例，吴晴晴的基因与药物融合率奇迹般突破40%，引起美杜莎组织的注意而遭到全面追杀。吴晴晴陷入危机，命悬一线。危急时刻，吴晴晴基因融合率突破50%，拥有了无异于“幽灵”般的诡异速度，配合其从小练就的高超武功，绝地反杀。