小智和皮卡丘，及同伴们一群人来到大城—纽特市。在繁忙都市街道的正中央，设立了保护神奇宝贝安全的神奇宝贝专用居住设施─神奇宝贝山庄，近期预定完工。「排除所有敌人…」此时，在即将建造完成的神奇宝贝山庄前突然出现一群神奇宝贝，他们的名字是「盖诺赛克特」。其中带领他们的，是拥有红色身躯的「赤红盖诺赛克特」。那是电浆团从3亿年前的化石中，改造了基因并使其复活的神奇宝贝。盖诺赛克特们失去了曾属于他们的故乡，为了寻找与3亿年前相同的景色，他们朝向纽特市前进。为了夺回「故乡」，他们将所有神奇宝贝及人类都视为敌人进行捕捉。而他们背上的砲台，向小智一行人发射破坏技术光线！－－-就在此时，守护在即将遭受攻击的小智一群人面前的，竟然是传说中的神奇宝贝超梦！！「他们原本是不应该存在于这个世界的神奇宝贝…就像我一样。」为了停止盖诺赛克特们的悲伤，超梦决定挺身而出与其对峙。双方激烈的战斗冲撞，产生出威力强大的冲击波将整个街道卷入其中。超越极限的对打，神奇宝贝史上最快速的战斗！在这惊人的冲击中，小智和皮卡丘是否能拯救神奇宝贝山庄？－－-今年夏天，超梦觉醒开始！