连续发生了六起连续杀人案件，案发地点以东京为中心向外延伸，这引起警政高层的高度重视并召开搜查会议，包括目暮警官、各县刑警以及毛利小五郎等人都来参加，而柯南却意外发现一名刑警中途离席，而且搭的是黑暗组织成员「琴酒」的车！ 这黑暗组织就是将高中生工藤新一身体变小的罪魁祸首，而柯南的发现也代表著黑暗组织已渗入搜查会议，难道这些连续杀人案件就是黑暗组织所为？而这些凶残的组织成员要是发现工藤新一还活著，一定会使得身边的人遭到追杀，事态如此严重，让柯南决定独自展开调查！