在很久以前，还没有宝可梦球的时代，一只波导宝可梦 路卡利欧感知到了两支军队将在关都的欧鲁德朗城交战。它在被一群黑鲁加围攻的同时，将此告诉了自己的主人亚朗。被扬尘影响，路卡利欧在没有视觉支持的条件下击败了自己的对手们。 欧鲁德朗城的琳恩女王决定与人民共存亡，亚朗则骑着 比雕飞往了世界初始之树却被一群敌军的 盔甲鸟攻击。凭借感受其主人的波导，路卡利欧来到了亚朗身边。后者要求路卡利欧不要在叫他“主人”，并称自己已经抛弃了城堡。随即，他发誓再不回来并继续赶往世界初始之树。欲要跟随的路卡利欧被亚朗封印在了权杖中。之后，比雕只将亚朗的权杖带了回来，琳恩女王明白了亚朗利用自己的波导，牺牲了自己，平息了战乱。人们因此称其为“波导的勇者”。 多年后， 小智、 皮卡丘、 小刚、 小遥和 小胜来到了欧鲁德朗城参加赞颂亚朗的祭典。小智参加了庆典的宝可梦对战，并战胜了一名叫琪朵·夏玛兹的训练家的 玛狃拉。当晚的皇家舞会上，小智一行人的宝可梦们跑到了阁楼上玩耍。这时 梦幻加入了它们，琪朵的两只厚多臭玛狃拉立即发动了攻击。小胜目睹了梦幻、皮卡丘和火箭队的喵喵一起进行了兵拘习瞬间转移。与此同时，舞厅中的小智在看烟花时，路卡利欧自勇者之杖中脱出。后者对其被封印后的事情感到困惑，随即离开并四处寻找答案。 小胜赶来告诉小智一行皮卡丘和喵喵被带走了。艾琳女王称梦幻有在城堡阿枣讲晚中出现并将玩具带回位于世界初始之树的家的习惯。小智和其余人（包括琪朵在内，这时被小刚认出是著名的冒险家）在路卡利欧的帮助下向世界初始之树进发。在路上，他们发现了一朵时间之花（能够让发现者看到过去的影像）。当晚，小智回想起了他和皮卡丘所共同经历的过去。路卡利欧对此嗤之以鼻，并认为人类不能被信任。小智愤怒地擒住并摔倒了路卡利欧，但最后再动手的过程中还是输给了路卡利欧。 次日，路卡利欧来到了他被封印的地方。一朵时间之花展示了亚朗困住了鲁卡里欧并逃跑的影像，这使得每个人相信了路卡利欧对传说的置疑。就在这时， 雷吉洛克出现并发动了攻击，众人不得不躲进了世界初始之树。在奔逃的过程中，小智和路卡利欧同众人分开，被 雷吉艾斯攻击后决定原路返回。与此同时，其余人被雷吉奇卡斯和世界初始之树产生的抗体攻击，除琪朵外其余人婶兆妹汽都被吞没。 小智最终同喵喵、琪朵和皮卡丘重聚。之后，琪朵和小智被吞没，试图阻止的路卡利欧被雷吉奇卡斯干预。梦幻此时决定与世界初始之树进行沟通，借助自己的力量，救出了所有人。梦幻在尽力施为后突然没了精神。在发现大树的免疫系统休克后，小智、琪朵、梦幻和路卡利欧来到了世界初始之树的心脏，并发现了亚朗的手套。一旁的时间之花也表明传说是真的。 在明知必死的情况下下，小智借助亚朗的的手套，在路卡利欧的帮助下，将自己的波导传递给了树。随着博导的光球越来越强大，阿兵符路卡利欧将小智撞退并要自己未完成剩余的部分。树最终被复原，梦幻也重归健康，但路卡利欧即将死去。时间之花再次绽放，里面的亚朗在临终之际自言自语地向路卡利欧告别，同时称路卡利欧不仅仅是自己的学生也是自己最亲密的朋友，并希望未来有机会能再次见到路卡利欧。路卡利欧看到主人的影像，开始哭泣，并认为自己辜负了亚朗。小智握着路卡利欧的手，并劝慰路卡利欧它和亚朗一样出色。路卡利欧感谢了小智的鼓励，随后死去，同自己的朋友团聚。小智和琪朵在世界初始之树外与小遥、小刚和小胜碰面。小胜注意到了路卡利欧并未一同出来。小刚对路卡利欧的死感到难以置信，但小智坚信路卡利欧的波导会与他同在。