1914年，在东非一片僻静的丛林里生活着一些土著人，来自英国的牧师塞米尔·塞耶 （ 罗伯特·莫利 饰）和他的妹妹罗斯·塞耶 （凯瑟琳·赫本饰）也长期生活在这里。查尔斯·奥尔特耐 （ 亨弗莱·鲍嘉 饰）驾驶着他的“非洲女王号”穿行于各个部落之间，为他们传递信件。这天，他带来消息说，英、德之间已经开战了，也许会秧及到这里。果然，德军在第二天便闯进村，烧毁了所有的房屋，赶走了所有的村民，善良的牧师塞米尔因此而发疯并最终病死。罗斯请求奥尔特耐送她回到英属的地界，但奥尔特耐不同意，因为那样就必须经过乌兰加河，那是一条从没人能活着航行过去的河道，况且德军的“路易斯号”大渡轮在交界处守着，凭“非洲女王号”这样的小船是无法与它抗衡的。罗斯看到船上的炸药和氧气筒突发奇想，利用它们可以自制鱼雷，击沉“路易斯号”。罗斯离奇的想法令奥尔特耐惊叹不已，但他不得不承认，这是个聪明的办法。于是两人出发了。一路上，奥尔特耐教会了罗斯许多驾船的技巧，他们逃过了鳄鱼的追赶，驶过了充满暗礁的河道，很快“路易斯号”出现在他们面前，就在两人安装好自制的鱼雷，瞄准目标蓄势待发之即，暴风雨不期而至，“非洲女王号”被打翻了。醒来时已经风平浪静，他们被“路易斯号”上的德军抓获。正欲实施绞刑之时，意想不到的事情发生了，浮出水面的“非洲女王号”慢慢地向“路易斯号”漂来，两船相撞后，鱼雷爆炸，跳水逃生的奥尔特耐和罗斯远远地看到“路易斯号”沉下了水面 。