16世纪的西班牙，无畏的大将军托马斯·克里奥奉皇后伊莎贝拉之命前往探索新大陆，以求得创世纪中提及的“生命之树”。传说中记载，只要饮下一滴树的汁液，便会获得永生。一路历尽千辛万苦，战胜叛变的下属、怨恨的仇家、涂着油彩的玛雅人，托马斯终于到达了一座辉煌的隐蔽之地，在那里他看到了永生难忘的奇异景象。2000年，医学家汤米·克里奥 （休·杰克曼饰）急切地为心爱的妻子丽兹 （蕾切尔·薇姿饰）寻找着治疗脑癌的良药，虽然身为脑癌专家，可他却只能看着病入膏肓的妻子束手无策。可奇迹发生了，汤米的研究小组从南美洲丛林里带回了一株奇异的树种标本，在提炼药物用于黑猩猩实验的时候，药物奇迹般地产生了效果。500年后的遥远未来，光头、瘦削的汤姆·克里奥乘坐着用思想控制的透明圆球飞船中，穿梭于太空宇宙，他将去往一个未知的星云，那是传说中玛雅人深信的灵冥世界。辽阔的星际间，汤姆身边却只有那棵已快死亡的古树，他无时无刻不回想着关于丽兹的记忆 。