《新世纪福音战士》电影版第1部由“DEATH篇（死亡篇）”和“REBIRTH篇（新生篇）”两部分构成。“死亡篇”基于原TV版动画第1集至第24集内容，重新剪辑成总结篇。“新生篇”承接第24集剧情：消灭第十七使徒后，SEELE向NERV下达指令，要求EVA初号机执行“人类补完计划”，但碇元度不认同SEELE的做法，拒绝执行。SEELE认定这是叛变行为，决定彻底消灭NERV。 破晓时分，NERV本部突遭战略自卫队袭击，人员惨遭屠杀。为保护驾驶员，葛城美里下令将精神崩溃的明日香送上二号机并藏于湖底深处，自己则去营救碇真嗣。此时的碇真嗣已濒临精神崩溃。