熊猫阿宝终于美梦成真成为了神龙大侠，跟随功夫大师与盖世五侠：悍娇虎、猴王、快螳螂、俏小龙、灵鹤一起保护着和平谷、过着宁静的生活。然而，好景不长，有个邪恶的坏人沈王爷Lord Shen正打算用无人能挡的机密武器征服中国并且毁灭功夫，阿宝面临着一次新的、更加可怕的挑战，在羊仙姑的指引下，他必须回首过去并揭开自身的生世之谜，才能找到打败敌人的致胜关键力量。