美国政府在南太平洋1000尺的海底，发现一艘已有300年历史的神秘太空船，于是一组顶尖的科学小组受徵召前往当地调查，包括了心理学家诺曼·古德曼 （ 达斯汀·霍夫曼 饰）、生物化学家伊丽莎白·贝丝·哈尔佩林 （ 莎朗·斯通 饰）、以及数学家哈里·亚当斯 （ 塞缪尔·杰克逊 饰），他们合作探究沉没在深海处的神秘巨大物体。科学小组利用高科技的实验艇，深入海底进行探测，他们进入太空船后，发现了一个“2048年美国制造”的字样，证明了这是一艘未来的太空船，曾经历时空旅行来到此地，船内部有一个巨大而怪异的球状体，当他们先后进入这球状体后，人人都产生了诡异的反应与幻象。此时，一个不明海底生物开始攻击实验艇，使小组与地面失去联络，接二连三的惊骇乱象开始发生 。