時は慶長17年。名だたる武芸者をことごとく打ち破り国中にその名を轟かせた剣客・宮本武蔵と、巌流の使い手である剣の達人・佐々木小次郎。当代屈指の剣豪2人が、ついに雌雄を決する世紀の決闘が舟島（巌流島）において行われようとしていた。現代でも“巌流島の決闘”として知られるこの闘いには、一方で多くの謎が残されている。何よりも、武蔵自身が自著『五輪書』においてこの決闘について一切触れていないのである。そう、武蔵が圧勝したとされるこの伝説の決闘には、ある驚くべき秘密が隠されていたのだった…。