17世纪中叶德川幕府统治下的日本，西方宗教活动被严令禁止，基督教徒常常受到残酷迫害。葡萄牙传教士加佩神父 （ 亚当·德赖弗 饰）和罗德里格兹神父 （ 安德鲁·加菲尔德 饰）偷渡来到九州肥前地区，信仰基督教的村民们大为欢欣，为他们提供了藏身之处，两人在官差的严密搜捕下进行秘密传教。之后，向导吉次郎 （ 洼冢洋介 饰）将罗德里格兹出卖给了官府。在牢中，罗德里格兹看到一对遭到拷问的武士夫妇教徒，妻子为了救丈夫的命选择了退教。而被捕的加佩一直不愿退教，他追随被处以水刑的教徒自杀身亡。罗德里格兹的恩师、二十年前来日本传教失踪的费莱拉神父 （ 连姆·尼森 饰）突然出现，身着武士服的他已经失去了信仰，还逼迫罗德里格兹退教。罗德里格兹必须在为了拯救众教徒而退教和忠于信仰殉教之间做出选择 。