十七世纪中叶的日本，基督教徒受到残酷的迫害。葡萄牙传教士葛尔贝和罗德里格偷渡来到九州肥前地区。信仰基督教的村民们大为欢欣，为他们提供了藏身之处。两人冒着官差的严密搜捕进行秘密传教。向导吉次郎将罗德里格出卖给了官府。罗德里格和曾经信过教的筑后守针对传教的是非问题展开了争论。在牢中，罗德里格看到一对遭到拷问的武士夫妇教徒，妻子为了救丈夫的命选择了退教。这时，被捕的葛尔贝一直不愿退教，他追随被处以水刑的教徒自杀身亡。罗德里格的恩师、二十年前来日本传教失踪的费雷拉突然出现，身着武士服的他已经失去了信仰逼迫罗德里格退教，他必须在为了拯救众教徒而退教和忠于信仰殉教之间做出选择……