大友克洋的98制作的电影，是同名原作《遗迹守护者》中的“诺亚方舟篇”的剧场版化。有一块金属板是向生活在现代的我们发出警告的传言板，发出警示的人在远古就建立了至今无法估计的科技文明，后来这些人却永远消失了。他们说：“我们把无边的黑暗所创造的力量送回黑暗深处，今后不可再唤醒它们。”基于这段信息，一个以封印超古代文明为目的名为“爱加明”（音译）的组织成立了，而那组织的特工，我们称为SPRIGGAN保卫者，又称为遗迹守护者。御神苗优是一个高中生，也是ARCAM日本分部的一员，为了调查事件的真相而前往土耳其，岂知一到达出事地点便遭遇一支半机械生化人部队的袭击，原来是 美国国防部为了夺取诺亚方舟，不惜派遣暗杀部队来歼灭ARCAM 的成员，于是御神苗优与同伴穿起配备「精神感应装甲」与「人工筋肉」的战斗服，借其激发出高于平常人30倍的力量，与这群半人半机械化的怪物展开一场血战…另一方面，具备 超自然能力的暗杀部队队长——马克多鲁，此时正野心勃勃地想激活诺亚方舟，究竟方舟里蕴藏着什么神秘力量？方舟激活之后地球的未来将会如何？人类是否已经步上与传说中古文明相同灭亡的命运…