西暦2100年。ヨコハマ・ベイサイドシティは2度の震災から驚異的に復興し、今や高度な自治権を有する国際都市として、首都・東京を上回る繁栄を謳歌していた。しかし、繁栄の陰に犯罪はつきもので、テロリストたちによる凶悪犯罪の多発によって、治安は悪化し、市長もまたテロリストの凶弾に倒れる。新たに市長に就任したウォン=ハイクは、元市警SWAT部隊隊長で現・市長補佐官のゴウマンに新たな治安維持部隊の創設を命じる。ゴウマンは警察学校での教え子、タカコ・ホウライジに新たな警備会社の創設を依頼し、タカコは異能の美少女たちを集めたエンジェル・アームズ社を創設する。エンジェル・アームズ社のメンバーは最新式のパワードスーツ・ランドメイドに身を包み、テロリストに立ち向かっていく。 ある日、エンジェル・アームズ社は密輸組織の頭目を捕らえるが、彼は身柄の安全の保障と引き換えに取引相手の名前を教えるという取引を市長に持ちかける。市長はその取引に応じ、エンジェル・アームズ社が頭目の身辺警護を勤めることになる。やがて、頭目の命を狙って新たなテロリスト集団が現れるが、そのリーダー、ジャン=リュック・スキナーこそ、エンジェル・アームズ社のメンバー、アリサ・タカクラの元恋人で既に爆死したと思われていた人物であった。 「アリサは元恋人の情にほだされて、自分たちを裏切るのでは?」エンジェル・アームズ社のメンバーの中で動揺が広がる中、アリサはテロリストに捕らえられる。そして、アリサの前にかつての恋人、ジャン=リュックが現れ･･･