一架隶属于美国的运输机坠落到东京湾，恐怖的经历就此展开。数日后，接连发生的机械人被袭击案件导致数名驾驶员的死亡，刑事久住武史和助手泰真一郎开始调查此案。在调查过程中，心不在焉的一郎认识了岬冴子，对她产生了爱慕。袭击事件仍旧继续发生着，不仅是机械人，连普通人也有数人死于非命，而且在东京湾内，渔民发现了巨大的不明物体。在得知巴比伦基地发生怪异事件后，两位刑事赶到基地，却被一只巨大的怪物追击而险些丧命。此时，东都生物医学研究所的所长似乎知道整件事情的来龙去脉，而久住武史和泰真一郎也追查到了这里，他们发现岬冴子原来是这里的研究员，她的可疑之处颇多，而一郎也了解到冴子悲惨的过去。经过努力，案情基本得到确认：怪物是实验室的样品，代号是“13号”。为了消灭怪物，各方决定协同作战，并由特车2课第2小队实行消灭任务！当13号落入圈套时，冴子也选择了结束生命，而一郎却无法阻止这一切的发生。连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。改编自漫画的MOVIE3，以两个机动世界的局外人完成了情节的铺张，这代表着机动警察的复活？还是宣告这一系列完结之作？总之，正如某人的评论那样：特车2课完全沦落到警察A、警察B的地步，仅存的少许戏份只留给后藤而已，不能不说是一种遗憾，虽然本片是很出色的作品。