When an unknown underwater object disables an American nuclear-powered submarine and attacks a submerged Arctic research complex, a scientific expedition flies to the North Pole to investigate these incidents as well as the sudden, inexplicable rise in temperature that threatens to melt the ice cap and flood the surface of the world.北极海的冰层底下有一条北海通道，其中间歇传出不明的电子讯号。联合国会议为了解决地球暖洋效应，邀请庄士基与佛蓝琪两位博士研究因应之道。前者主张使用鱼雷爆破北极冰层，借以减缓暖洋效应。后者则考虑其间的不明电讯，主张要先了解电讯来源，不可仓促行事。鹰派的庄士基博士取得委员会的授权，整装待发。佛蓝琪博士则终于破解电讯的内容，北海通道的秘密，原来是外星生物的繁殖场。拯救地球与外来文明的入侵，人类在此，必须做出什么样的抉择？深海拦截大海怪2为您解开世纪之谜。