大家知道面包超人为什麼能够拥有无敌力量吗？原来当果酱叔叔在烤面包超人的脸时，加入了勇气之花的汁液。而知道了这个秘密的细菌人，就欺骗了独自守护勇气之花的妖精灵灵，细菌人趁著灵灵到街上去的时候，竟然把种植勇气之花的花坛弄得乱七八糟！为了找寻勇气之花，灵灵虽然和面包超人前往住著沙漠巨人的沙漠深处，还有冰之女王的冰之宫殿，却都还是没能取得勇气之花，面包超人一行只能把最后的希望寄托在死神山，但是等在那里的，却是搭乘著最强机器的细菌人！仅存在岩石隙缝唯一的一朵勇气之花眼看就要被破坏凋零了……。