银河移民船队“超时空要塞Frontier”终于击退神秘重机甲生命体“Vajra”，但也付出了惨痛的代价，有数百人在此役中丧生。临危出战的少年 早乙女阿尔特在此役之后正式成为民间军事公司S.M.S的飞行员。他和当红歌姬雪莉露·诺姆一同享受闲暇的时光，而在两人的鼓励下投身歌坛的兰花·李则在属于自己的星路上努力迈进。由于Vajra的进攻恰逢出身Galaxy移民船队的雪莉露来开演唱会，时机的巧合令Frontier政府怀疑她是Galaxy派来的间谍。得知此事后，阿尔特和雪莉露发生了矛盾。雪莉露即将在Galaxy开演唱会，Vajra又向Galaxy发动了攻击，得到战报的Frontier政府决定袖手旁观，雪莉露只得以个人名义雇佣S.M.S的力量援救自己的船队。雪莉露的演唱会如期举行，S.M.S依约出兵增援。在Frontier，兰花与远方的雪莉露同时引吭高歌，她的歌声竟引来了大群的Vajra。少女们的歌里隐藏着什么秘密？在歌声回荡的宇宙中，人类与Vajra展开了殊死之战。男主角，17岁，美星学园飞行学科学生。S.M.S 骷髅小队所属，初时军阶是准尉，后于TV第15话获升为少尉，SMS中代号Skull 4（骷髅4号）。在TV22话S.M.S叛逃后，晋升中尉，机体代号Sagittarius One(サジタリウスワン)。女主角之一，17岁，出身于Macross Galaxy，绰号“银河妖精”的人气偶像歌手。有着一头淡粉色的头发。对有人抱有好感，个性坚毅积极且带有强势的作风，被同校同学戏称为「女王」，对Macross Galaxy抱有既讨厌又关心的矛盾感情。后入读美星学园飞行员科，与有人等人成为同学。女主角之一，16岁，在中餐馆“娘娘”打工的绿色头发的高中生少女，爱好唱歌，怀有像雪莉露一样成为超级明星的梦想。在翻拍Macross Zero 故事“鸟之人”中出演饰演玛奥·诺姆并主唱「アイモ」后一路走红，被称为“超时空灰姑娘”、“希望歌姬”。拥有四分之一天顶星人血统。奥兹马以兄长名义收养了兰花，并不是她的亲哥哥。TV第21话后借由布雷拉的协助离开Frontier寻求过去的记忆，确认布雷拉是其失踪的哥哥。谜之驾驶员，驾驶VF-27，第14话中自称隶属MACROSS GALAXY船团，安塔列斯小队，军衔少校，知道并能使用口琴吹出“アイモ”的旋律，为了寻回自己的过去而战。兰花的亲兄长（也是117调查船团的幸存者），曾接受过人体芯片植入。