《 魔法禁书目录》系列电视动画的第1期和第2期分别在2008年和2010年播放并业已完结。2011年10月2日，动画官网上宣布剧场版《魔法禁书目录》的制作决定，2012年8月10日制作方正式公布了该剧场版的全称《魔法禁书目录 恩底弥翁的奇迹》，剧场版动画于2013年2月23日在全日本29个影院上映 （3月9日又增加到7个、4月6日则扩大到45个 、5月25日又增加11个 ）。在日本国内，剧场版上映9日票房便突破2亿日元，上映16日（3月14日）则突破3亿2千万日元 ，到4月3日已经突破4亿日元 ，最终票房收入为4.98亿日元 。2013年8月9日，剧场版动画的TV特番（前22分钟+预告总集篇）在AT-X和TOKYO MX等电视台播出 。剧场版动画的Blu-ray和DVD于2013年8月28日发售，首周销量约4.6万 。2014年1月5日和11日，剧场版动画在电视台AT-X上全篇初放送 。在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即的某一天， 上条当麻和 茵蒂克丝与一位无能力者（Lv0）少女 鸣护艾丽莎相遇了。茵蒂克丝与艾丽莎两人因为“旺盛的食欲”这样谜一般的羁绊而意气相合起来，就在三人享受放学后的愉快时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动了袭击。而本次袭击的目标正是艾丽莎。为何身为科学世界的艾丽莎会被魔法世界的人追击？因为受到了魔法世界的强烈攻势，学园都市一侧的莎特奥拉率领着秩序维护部队开始了行动。上条与茵蒂克丝还有艾丽莎他们因被卷入这样的状况而极度混乱迷茫，史提尔对他们这样说道：“那里的她，将会引发魔法世界跟科学世界之间的战争。”在科学与魔术魔法交汇之时，以“恩底弥翁”为舞台的故事开始了！