本片根据上世纪60年代同名电视喜剧改编，男主人公是特工86号麦克斯韦精明（Maxwell Smart），他的女搭档是99号特工（Agent 99）。虽然名字叫精明，但这名 特工一直稀里糊涂，不过倒是总能弄拙成巧完成任务。 新版《糊涂侦察》故事是全新原创的，主要说麦克斯韦精明是如何成为特工、以及他是如何与99号特工开始合作的。片中的反派是一个无政府组织KAOS（音同英文混乱），这个组织勒索美国政府，假如不满足他们的要求，就将发射核弹。86号特工必须查出这些核弹所在位置并阻止发射以拯救世界。　一个名为KAOS的犯罪组织，近来又开始向政府和法律发起挑战：杀人、放火无恶不作。甚至，组织的头目西格菲尔德(特伦斯斯坦普饰)更是扬言要用核弹来威胁美国政府。而他的同伙沙塔克(肯尼斯达维迪安饰)，一个臭名昭著的恐怖分子也加入进来。　危机之下，政府的特工组织CONTROL自然不会袖手旁观。特工组织的首脑塞迪斯(阿兰阿金饰)迅速召开紧急会议，但组织内部的众多优秀特工却因种种原因，无法受命前往对付眼下这个最为棘手的问题。无奈之下，塞迪斯不得不启用新手86号特工麦克斯韦精明(史蒂夫卡莱尔饰)。但出于86号精明先生的资历尚浅，塞迪斯还特地为其安排了一位性感能干的99号女特工(安妮海瑟薇饰)暗中帮助他。于是，两位特工迅速展开了对KAOS恐怖组织的里应外合的非凡行动。