在一个美丽又神秘的岭南万亩果园里，居住着一群活泼可爱的卡通人物——水果宝贝。他们是活力四射，有勇无谋的“吉星”（橘子）；甜美笑容，战斗力超强的“美蕉”（香蕉）；还有爱睡如命，臭屁无敌的“榴星”（榴莲）。在很久以前被三位水果勇者击退的恶虫军团卷土重来！因为博士虫的新发明，张螂得到了进化，他也取代了巨巫虫成为了恶虫军团的新首领，并且攻陷了水果村。曾经的三勇者都无法再对抗恶虫军。吉星更是被吓破了胆。美蕉带着吉星一边躲避恶虫军团的追杀，一边寻找让吉星重新振作的方法。路上，他们又遇到了榴星，并找到了水果们暂时栖息的新水果村。最终水果宝贝找到了传说中的三神器，打败了恶虫。