正当Keroro小队迈向第四年TV动画时，其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2 深海的公主、是也！》将于3月17日在日本上映。第一部剧场版宣扬“友情”至上，而此次剧场版将着重弘扬伟大的家族之爱。 水之惑星马隆星终于对地球展开侵略。马隆星的后裔Meru王子和他的随从Maru，两人长期生活，决定重建他们的世界，于是开始寻找公主候选人。被选中的竟是Keroro小队所居住的日向家的长女日向夏美！Keroro一行人向深海的秘密王国进发，去解救被掳走的夏美。