1377年， 梵蒂冈教皇从法国迁回意大利之后开始定居于此，历任教皇对其都进行过不同程度的修复、扩大和美化。梵蒂冈博物院设在梵蒂冈宫中，是一个总称，其实院中有馆，馆中有室，共有20多个博物馆，共有大小展厅、展室和房间1400多个，建筑面积达55000平方米，馆内有一座残石像。头颅、两臂、双膝皆缺，仅存大段躯干，传说是大力士赫拉克勒斯石像。据说米开朗琪罗对之曾反复研究。动物雕塑厅犹如一座天然动物园，鹰、狮、犬等飞禽走兽千姿百态。艺术长廊上的壁画、穹项画、镶嵌画、挂毯画绚丽缤纷。其中壁毯刺绣廊，挂着绣有耶稣生平事迹的19幅华丽的壁毯。地图廊上，40幅鲜艳悦目的图志，描绘了意大利各城市和沿海岛屿的地形图，被认为是当时地理上最重要的文献。埃特鲁斯科馆馆内展品多为公元前8世纪至公元前4世纪生活在罗马附近的埃特鲁斯科人的文物，从中可以了解一个被罗马人完全消灭的民族的生活、文化、经济等情况。绘画馆主要收藏的是悬油画，其中很多名画曾被拿破仑抢到法国去，到1816年才收回77幅。世俗博物馆原在拉特兰官内，后迁于此，主要陈列的是古希腊罗马文物的复制品、罗马帝国时代的雕刻等。基督庇护博物馆主要展出罗马地下鬼、古代教堂的文物、绘画等。历史博物馆建于1973年，主要收藏是马车、教廷的军械、七兵服装等。传教士博物馆于1926年建于拉特兰宫，1970年迁于此，其中有中国厅，内有北京彩绘瓷狮、天坛模型、佛像，福建宝塔模型、孔府祭坛复制品、桂林的佛像雕塑和泉州的铜像雕塑等。西斯廷堂中主要有文艺复兴时期艺术大师们的作品。西斯廷堂平时任人参观，只在梵蒂冈教皇缺位时关闭几天，在此期间，所有红衣主教集中在这里开会，选举新教皇。埃及馆收藏的是古代埃及的文物艺术品、木乃伊等。庇护一克莱门蒂诺馆内有圆形大厅、希腊十字厅、艺术女神厅、动物雕塑厅、劳孔代厅等。