在第二季中，医生Jack对洛克越来越不信任，对他痴迷于揭开舱门秘密的动机感到怀疑。索亚、迈克尔和金的救生筏被“其他人”破坏了（在上一季中，这些人还绑架了迈克尔的儿子沃尔特），三人的命运有了新的发展。因为丈夫金生死未卜，Sun对他的依赖性逐渐减少，变得独立起来。凯特的逃亡者身份逐渐被揭开。查理与克莱尔和她的新生宝贝阿伦关系更加亲近，但他从一尊雕像里找到的被隐藏的毒品，却很有可能重新引诱他回到那个黑暗的世界。莎侬一面为弟弟波恩的死感到哀伤，一面为乘坐木筏的人们的命运感到担忧。此外，Jack在悉尼机场认识的Ana-Lucia （Michelle Rodriguez饰）和岛上的居民Adewale Akinnuoye-Agbaje也在新一季的故事当中出现。